Přírodovědné oddělení

O rozsáhlé přírodovědné sbírky pečuje přírodovědec doplňující v rámci své odbornosti a výzkumu prováděném v regionu předně botanické sbírky, čítající dnes přes pět tisíc položek. Významný podíl na sbírkách tvoří ornitologické preparáty, dále soubory paleontologie, mineralogie a osteologie. Základní sbírky  mimo osteologie jsou uloženy v depozitáři v hlavním objektu muzea, osteologické sbírky v objektu čp. 156 v Rybářské ul.

Historické oddělení

Historické sbírky, které daly základ dnešnímu muzeu, představují dnes více než 120 tisíc zaevidovaných položek  uložených v depozitářích muzea. Významnou součástí je sbírka textilií, jejíž součástí se stala v roce 1958 sbírka krajek a výšivek, získaná po sběratelce Boženě Koutníkové. Početně je zastoupen i porcelán, sklo, keramika, výtvarné umění, kovové a další předměty a doklady archívní povahy, dokumentující činnost spolků, stran i jednotlivců působících ve městě a okolí. Základní sbírky jsou uloženy v depozitářích v hlavním objektu a v objektu čp. 156 v Rybářské ul.

Archeologické oddělení

Toto oddělení je umístěné od roku 1998 v objektu čp. 156 v Rybářské ulici. Mimo odborného pracoviště se v objektu nacházejí laboratoře a archeologické depozitáře se základními sbírkami. Archeologická sbírka, obsahující několik set tisíc nálezů, se řadí mezi nejpočetnější ve Středočeském kraji. V objektu jak uvedeno, je také přírodovědný depozitář s osteologickým materiálem a historické depozitáře se sbírkami košíkářského řemesla a zemědělskými a většími trojrozměrnými předměty.

Infocentrum

Infocentrum vyhledává, shromažďuje, aktualizuje a dále šíří přesné turistické informace z oblasti své působnosti (Čelákovice a okolní obce). Poskytuje veřejnosti informace z databáze jemu všemi dostupnými formami (ústně, telefonicky, písemně, prostřednictvím elektronických médií). Ústní informace jsou poskytovány návštěvníkům bezplatně. Ostatní služby mohou být přiměřeně zpoplatněny. Zároveň infocentrum organizačně zajišťuje návštěvnický provoz a prodej suvenýrů.