Již při zpracovávání studie na rekonstrukci objektu Tvrze, odevzdané ke schválení počátkem roku 1974, byl městským muzeem předložen záměr na využití jednotlivých prostor objektu. V následně zpracované a předložené koncepci muzea došlo z rozhodnutí tehdejšího politického vedení okresu k její částečné korekci. Proti původnímu záměru musela být provedena změna ve využívání výstavní síně plánované do dvorního objektu. Do této síně byla podle samostatně řešeného scénáře pracovníky Okresního muzea Praha-východ umístěna expozice současnosti a dělnického hnutí na okrese. Některé další navrhované změny se podařilo odvrátit a pro krátkodobé výstavy získat dvě menší místnosti v patře východního přístavku Tvrze, kde měla být prezentována současnost Čelákovic a okolí. Jiné změny se celkové koncepce řešící umístění jednotlivých muzejních expozic do konce roku 1989 nedotkly.

Podle upravené koncepce, pro expozici „Historie čelákovické Tvrze" (scénář J. Špaček), byla určena suterénní místnost pod jižním traktem, samostatně přístupné z nádvoří. Do vstupní místnosti byla umístěna pokladna a několik vitrín k propagaci muzejních materiálů. Mimo konání krátkodobých výstav jsou na stěnách této prostory umístěny obrazy starých Čelákovic zdejšího rodáka, malíře Čeňka Jandy. Čtyři suterénní místnosti severního traktu, přístupné ze vstupní místnosti muzea, byly vyčleněny pro expozici "Příroda středního Polabí" (scénář J. Žalman). Hlavní a největší sál, nalézající se ve zvýšeném přízemí jižního traktu, do něhož se rovněž vchází ze vstupní místností, byl určen pro expozici „Pravěk Čelákovicka" (scénář J. Špaček ve spolupráci se Z. Hazlbauerem) i vzhledem k rozměrnému exponátu -  monoxylu. Z této expozice přístupná další místnost, nacházející se již ale v patře severního traktu, presentuje „Středověké osídlení Čelákovic a okolí“ (scénář J. Špaček ve spolupráci se Z. Hazlbauerem) a s ní sousedící místnost, věnovaná historickému období „Čelákovicko v 17. – 19. století“ (scénář J. Špaček). Ke konání kulturních a osvětových programů, koncertů, přednášek, besed a jiných setkání i přes námitky zmíněného vedení byl upraven tzv. „Slavnostní sál", v roce 1999 přejmenovaný na „Síň Jana Zacha". 

Práce na scénářích pro nové stálé expozice muzea byly zahájeny již během pomalu blížícího se dokončení rekonstrukce objektu Tvrze ke konci 70. let. V roce 1982 dostaly konečnou podobu a v polovině roku byly předloženy na odborná pracoviště centrálních muzeí a ČSAV k připomínkovému řízení. K vlastní realizaci expozic podle schválených scénářů bylo přistoupeno počátkem května roku 1983 a jejich slavnostní otevření se konalo 21. června 1983. 

V  roce 1991 byla zpřístupněna další expozice „Čelákovické košíkářství“ (scénář J. Špaček), nacházející se asi 300 m jižně od Tvrze v samostatném objektu – rodném domku malíře Č. Jandy.