Z prostorových důvodů časově expozice přesahuje až do novověku, do 17. století. V expozici je ke zhlédnutí řada hmotných dokladů včetně fotografické dokumentace vybraných objektů středověkých staveb, středověkých archeologických situací i několika archivních dokumentů z této epochy dějin.

Běžná, zde vystavená užitková keramika,  je stejně jako v pravěku průvodním materiálem i celého období dějin středověku a novověku. S úsměvným pohledem si návštěvník prohlédne primitivní kostěné brusle z Horoušan, známé i z mnoha jiných lokalit, které jsou dokladem již od středověku oblíbeného bruslení. Větší pozornost ale bezesporu věnuje vzácnému pokladu cca 300 kusů stříbrných mincí - brakteátů, nalezených v místech bývalé tvrze v Nehvízdkách. Jsou to platidla ze 13. století, z období Přemysla Otakara II., které byly předchůdcem pražských grošů. Z této již neexistující středověké lokality mohou návštěvníci v dalších vitrínách expozice spatřit i části reliéfních kamnových kachlů a nálezy několika železných předmětů. Jinou významnou, v expozici zastoupenou lokalitou od období časné gotiky až k renesanci je dnes již také zcela zaniklý hrad v Toušeni. Mimo nálezů keramiky, získané při jeho výzkumu v 70. letech minulého století, je v expozici umístěna i část masivního, bohatě profilovaného pískovcového gotického ostění okna a mladší hlavice renesančního sloupu. Archeologickými výzkumy byly získány mnohé poznatky i o řadě jiných lokalit, patřících k sídlištním středověkým celkům nebo šlechtickým sídlům, jakou je např. zaniklá tvrz s vesnicí Opočno nad Jizerou, zaniklá vesnice Vesce, tvrz ve Vyšehořovicích, lokality Škvorec, Mochov, Skorkov, Přerov n. L., Čelákovice, Zápy aj. Mezi značným množstvím z nich získaných keramických nálezů, včetně zajímavých reliéfních kachlů, vynikají méně běžné a hůře zachovatelné zlomky i větší části skleněných nádob, zlomky olověných rámečků včetně skleněných fragmentů z výplní oken a občasné nálezy jednotlivých drobných stříbrných mincí. Ze jmenovaných i dalších středověkých lokalit je ve sbírkách muzea uloženo i značné množství železných a bronzových předmětů, zastoupených zde také několika zajímavými ukázkami.

Dosud k nejprozkoumanějším raně středověkým lokalitám v rámci záchranných archeologických výzkumů, prováděných čelákovickým muzeem nebo ve spolupráci s Archeologickým ústavem AV ČR, náleží nedaleká Stará Boleslav, která  je mimo zde zastoupených několika drobných ukázek presentována samostatnou expozicí ve Staroboleslavské bráně. V čelákovické expozici jsou k vidění již mimo zmíněných nálezů drobných stříbrných mincí i další ukázky mincí z grošového a tolarového období. Zasloužené pozornosti se ale zcela jistě nevyhnou kamnové gotické a renesanční reliéfní kachle, na čelní stěně zdobené nejrůznějšími zajímavými světskými i církevními motivy. Vystavené exponáty jsou výběrem z bohatého souboru představujícího desítky celých a stovky částí těchto výrobků, získaných při archeologických výzkumech, předně v posledních třech desetiletích.

Mimo archeologických nálezů jsou zde vystaveny i jiné předměty jako rychtářské právo, dobové knižní vazby a kované dveře, zhotovené pro čelákovický radní dům v polovině 16. století. V závěrečné části expozice jsou vystaveny i ukázky  visacích a dveřních zámků, klíče, vzorek dobového textilu a kniha s ručně psanými lékařskými a kuchařskými recepty z konce 17. století.

Boháčová, I. - Frolík, J. - Špaček, J. 1994: Stará Boleslav - archeologický výzkum 1988 - 1994. Čelákovice.
Hazlbauer, Z. - Špaček, J. 1984: Zaniklá středověká osada Vesce nedaleko soutoku Labe s Jizerou. Studie a zprávy 1981 - 1982, 47 - 63, Brandýs n. L.
Hazlbauer, Z. - Špaček, J. 1989: Poznámky k výrobě reliéfních renesančních kachlů s přihlédnutím k nálezům ze středního Polabí. Časopis Národního muzea - A, CLV, 146 - 166.
Skružný, L. - Špaček, J. 1997: Patrocinia kostelů a patronáty světců ve zvoleném mikroregionu východně od Prahy v kontextu církevních dějin. SVS 15, 1997, 105 - 154. Roztoky u Prahy.
Skružný, L. - Špaček, J. 2004: K vybraným motivům středověkých kachlů ze sbírek Městského muzea v Čelákovicích. In 100 let Městského muzea v Čelákovicích. 225 - 272. Čelákovice.
Špaček, J. 1979: Dosavadní výsledky výzkumu zaniklého středověkého hrádku v Toušeni. Archaeologia historica 4, 119 - 128. Brno.
Špaček, J. 1999: Z výsledků záchranného archeologického výzkumu provedeného v okolí chrámu Nanebevzetí Panny Marie ve Staré Boleslavi v letech 1996-1998. Archaeologia historica 24, 303 - 311. Brno.
Špaček, J. - Boháčová, I. 2000: Výsledky záchranného archeologického výzkumu v areálu okolí baziliky sv. Václava ve Staré Boleslavi. Archaeologia historica 25, 307 - 322. Brno.
Špaček, J. - Hazlbauer, Z. 1979: Výzkum zaniklé lokality Opočno u Staré Boleslavi 1975 - 1979. Muzeum a současnost 1 - 1978, 113 - 136. Roztoky u Prahy.
Vlasák, E. 1990: Polabské město Čelákovice. Čelákovice.